1) 개혁신앙인 양성(개혁신앙과 생활확립)
학생신앙운동의 첫 번재 목표는 개혁신앙인 양성이다. 이는 양육의 목표로서 개혁신앙에 입각한 신앙인, 즉 신앙과 생활 속에 개혁주의의 정신이 심겨져 있는 사람을 기르는 것을 말한다. 덧붙이면, 개혁신앙인 양성은 16세기 종교개혁자들의 전통을 이어받아 자유주의, 세속주의 그리고 여러 이단들을 단호히 배격한다. 그리고 하나님의 주권과 성경의 절대성을 믿는 개혁주의 신학과 신앙을 삶의 모든 영역 - 역사, 철학, 문학, 예술, 문화, 정치, 경제, 윤리등 인간의 전 포관적인 삶의 영역 - 에서 성경적 관점으로 조망한 기독교 세계관을 수립하여 그렇게 살아내도록 가르치고 훈련하는 것을 말한다.
이러한 목표 달성을 위해 "3단계 7과정" (이하 3-7과정) 이라는 교과과정이 개발되었고, 현재 각 캠퍼스에서 완전하지는 않지만 이 '3-7과정'에 따라 양육이 되어지고 있다. 또한 양육의 기본 단위로서의 작은 모임 운영, 중간 단위로서의 연차모임 운영, 큰 틀로서의 큰모임이 운영되고 있다. 출판부는 장기적으로 '3-7과정'에 입각한 성경공부교재를 발간하고 있는데, 1차분 과정별 본문 교재 7권은 완간(2000년 1월 현재)되었고, 주제별 교재와 심화 교재는 계속해서 발간 중에 있다. 거기에 더하여 작은모임 운영의 기초인 개인 경건 생활을 위한 QT교회 "날마다 주님과"를 발간하고 있다(2000년 2월 현재 통권 189호).
이러한 기본적인 훈련 외에 해마다 전국 대학생 수련회와 각 지방 수련회를 통해 양육을 보완하고 있으며, 중고등학생은 3년마다 전국 수련회로 모이고 있다. 이같은 사역은 모두 개혁주의 신앙인을 양육해 내기 위한 사역으로, 최근에는 훈련원을 개설하여 체계적이고 상설적인 훈련 과정을 운영하고 있다.
2) 복음화(복음전도와 문화변혁)
학생신앙운동의 두 번째 목표는 복음화이다. SFC가 말하는 복음화는 단순히 영혼 구원적 측면에서만 논의되지 않는다. 즉, 총체적 복음화로서 영혼구원과 문화변혁을 함께 포함하고 있다. '3-7과정'은 이 원리에 입각해서 두 지표(영혼구원, 문화변혁) 모두의 달성을 위한 교육과 훈련을 포함하고 있다.
먼저 '영혼 구원'에 대해 살펴보면, 최근 몇 년간 SFC는 주력운동으로서의 '전도운동'을 실행하였고, 상설적으로 '친구초청 전도집회', '관계 전도', '전도 주간', '순례전도(여름방학)' 를 가지고 있다. 이는 SFC 초창기 때 보여준 부흥운동의 관점에서 전도 운동의 계승이라는 의미와 다원주의 사회 속에서 그리스도의 유일성 선포라는 점에서 꾸준히 계속되고 있다. 특히 운동원들에게 예수 그리스도의 복음만이 범죄한 인간을 구원하며, 타락한 문화를 변혁시키는 능력임을 확신하고, 이 복음을 전파하는 일에 헌신하도록 요청하고 있다.
복음화의 또 다른 목표인 문화변혁운동은 '세상의 빛과 소금'의 역할을 담당하는 측면에서 진행되고 있으며, 처음에는 캠퍼스를 중심으로 운동하다가 이제는 교회를 상대로 운동의 영역이 확장되고 있다. 특히 1980년대 중반 이후로 학생 지도부와 간사들의 고민으로 주력운동이 채택되고 실행되어지고 있다. 지금까지 운동의 모습을 정리하면, 다움운동, 말씀 기도운동, 전도운동, 이단추방운동, 공명선거운동, 마약추방운동, 컨닝추방운동, 해외선교 못자리운동, 북한선교 기초놓기운동, 대학문화 5적 추방운동, 변화와 확장 운동, 교회사랑운동, 영적 각성을 통한 민족사랑운동 등을 채택하고 실행하였다. 그 중에서 컨닝추방운동은 SFC만의 독특한 운동으로 인식되어 캠퍼스 문화 변혁을 위한 중요한 이슈로 자리 잡고 있다. 그리고 선거가 있을 때마다 공명선거를 위한 직접적 참여가 사회단체와 연대해서 이루어지고 있으며 캠퍼스 내에서의 건전한 문화 확립과 봉사자로서의 모습을 견지하여 전도의 토양을 조성하고 있다.
3) 교회건설(지교회 봉사와 교회연합)
학생신앙운동의 세 번째 목표는 교회건설이다. 여기서의 교회는 구체적으로 지역교회를 말하는 것으로, 이 목표는 교회가 구원받은 성도들의 공동체이며 세상변혁을 위한 하나님의 참된 도구임을 확신하고, 그러한 교회로 든든히 세워져 갈 수 있도록 개교회에서의 성실한 봉사와 교회 연합운동을 통해 이루어짐을 확신한다. SFC는 하나님의 주권의 온전한 실현이 그의 참된 교회를 통해 구현되고, 우리 신앙과 생활 훈련의 일차적인 장소가 교회임을 알아 교회를 충성스럽게 봉사하도록 훈련하며, 캠퍼스 사역과 운동의 열매들을 교회로 돌려보내고, 그들이 지교회를 위해 성실히 봉사하도록 양육하고 있다.
그 결과 이들이 교회의 사역을 보다 적극적이고 성실히 감당하게 하며, 어렵고 힘들더라도 개교회 중고대학부의 임원 및 주일학교 교사 등을 맡아 섬기도록 강조하고 있다.
또한 개교회 중심적 이기주의를 극복하고 함께 공동체로 나아와 협력과 사귐과 동역의 사역을 감당할 수 있게 노력하고 있다. 이를 위해 현재 지방수련회나 신앙강좌 및 찬양집회, 문화제 등을 개설하여 학생차원에서 연합운동을 전개하고 있다. 그 외에도 지역 내의 교회 지도자들을 교육하고 훈련시켜 주는 일에도 힘을 기울이고 있다.
4) 세계선교(선교못자리 운동과 해외 SFC 건설)
학생신앙운동의 네 번째 운동의 목표는 세계 선교이다. 세계 선교의 사명은 SFC가 선교사를 직접 파송하는 것이 아니라 다만 선교 못자리로서의 역할을 감당하는데 있으며, 중고대학생들에게 선교에 헌신하도록 비전을 심는 일과 인적 자원을 발굴하는 일을 통해 교회의 선교를 위한 못자리 운동을 전개해 나가는 것이다. 뿐만 아니라 전세계 캠퍼스 속에서 개혁주의 기독학생운동이 일어나서 해외 SFC가 건설되고 확장되도록 헌신을 요청하며, 현재 필리핀 마닐라, 인도네시아, 아프리카의 시에라리온, 미국, 호주 등지에서 확동하고 있다. 2000년대에는 통일한국을 대비하여 중국을 통한 북한 선교를 준비하고 있으며, 북한 학원복음화 운동전략도 세우고 있다. 이를 위해 연변지부를 개척할 계획을 세웠고, 파송될 헌신자가 훈련을 받고 있다.